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El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas. Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
BLAST se utiliza habitualmente para comparar una secuencia dada contra toda una base de datos de millones de secuencias. Producen alineamientos locales entre cada pareja de secuencias. Además generan un valor se significación estadística para cada alineamiento.
El algoritmo BLAST analiza el problema de la búsqueda de bases de datos de secuencias, en donde tenemos una consulta, que es una nueva secuencia, y un objetivo, que es un conjunto de muchas secuencias antiguas, y nos interesa saber a cuál (si alguna) de las secuencias diana es la consulta relacionada.
28 de nov. de 2023 · The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches.
La familia de programas BLAST es la más utilizada para buscar secuencias similares en una base de datos dada una secuencia problema. Esta práctica consta de dos partes, en la primera nos familiarizaremos con el interfaz web del servidor BLAST del NCBI y en la segunda utilizaremos BLAST para resolver algunos problemas prácticos.
BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Fué desarrollado por Altschul en 1990 y es el algoritmo mas empleado por el NCBI. La principal característica del BLAST es su velocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos.
En este laboratorio, utilizaremos el algoritmo BLASTP, el cual es más útil que BLASTN para estudiar la evolución de proteínas. A diferencia de BLASTN, BLASTP pasa por alto mutaciones génicas sinónimos que no cambian un aminoácido.
